Průhonický zámek v dnešní podobě je výsledkem řady přestaveb původně středověkého gotického hrádku, zbudovaného na skalnatém ostrohu nad potokem Botič. Hrádek byl vystavěn v sousedství románského panského sídla, z něhož se dodnes dochoval pouze románský kostelík Narození Panny Marie. První písemné zprávy o vlastnících Průhonic pocházejí ze 70. let 13. století.Vystřídali se zde majitelé Zdislav z Průhonic, Bohuslav z Průhonic, páni z Říčan (do 90. let 14. století) a pražští měšťané. Počátkem 15. století nabývají Průhonice vladykové z Dubče – v té době tu pravděpodobně stála opevněná tvrz, jejíž podoba se nedochovala.
V roce 1927 pro hospodářské potíže prodává hrabě Silva Tarouca zámek i park čekoslovenskému státu.
Zámek je veřejnosti nepřístupný. Sídlí v něm Botanický ústav Akademie věd ČR v.v.i., zabývající se vědeckým výzkumem rostlin a vegetace.